
Bonsai berasal dari seni miniaturisasi tanaman yang disebut 
penjing (盆景) dari periode Dinasti Tang. Di makam putra dari Maharani Wu Zetian
 terdapat lukisan dinding yang menggambarkan pelayan wanita yang membawa
 pohon berbunga dalam pot dangkal. Pot dangkal berukuran kecil ini 
merupakan miniaturisasi dari pemandangan alam.
Kalangan bangsawan di Jepang mulai mengenal penjing sekitar akhir zaman Heian. Aksara kanji untuk 
penjing (盆景) dilafalkan orang Jepang sebagai 
bonkei. Sama halnya dengan di Cina, 
bonkei
 di Jepang juga merupakan miniaturisasi dari pemandangan alam. Seni yang
 hanya dinikmati kalangan atas, terutama kalangan pejabat istana dan samurai, dan baru disebut 
bonsai pada zaman Edo
Menanam bonsai adalah pekerjaan sambilan samurai zaman Edo, saat bonsai mencapai puncak kepopuleran. Sejak zaman Meiji,
 bonsai dianggap sebagai hobi yang bergaya. Namun pemeliharaan bonsai 
dan penyiraman memakan banyak waktu. Sejalan dengan lingkungan tempat 
tinggal di Jepang yang makin modern dan tidak memiliki halaman, 
penggemar bonsai akhirnya terbatas pada kalangan berusia lanjut.